2009年5月14日 星期四

動物的生化路徑

上 kegg http://www.genome.jp/kegg/pathway.html

選你想看的代謝途徑

這裡舉糖解作用 http://www.genome.jp/kegg/pathway/map/map00010.html

可以在選單中 選你想要看的物種

map上就會把該物種有的酵素 途徑 用顏色標示出來

選人類 就變這樣

http://www.genome.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010

濃縮protein的方法

1. 加熱或是抽乾是個方法 但無法去鹽 假使鹽過高 會造成跑的很醜
2. 如果只是要loading gel check protein, 用 centricon 太貴(約兩百到四百元)
不合乎成本
3. 用硫酸胺沉澱後透析 太花時間. 用acetone 沉澱 會loss 掉一些protein

我的解決方式 自製centricon..
把你的sample 取約 50uL 放到 eppandrof 的蓋子的凹槽
上面加個透析膜 (約1平方公分) 蓋緊

約 3000rpm 離心個數分鐘到數十分鐘 即可濃縮 又不太貴
出來後的體積約 10uL 剛好夠你跑電泳

不過操作時手要細點

比活性的定義

抽出液中含有的酵素活性單位:

抽出液中含有多種蛋白質,這些蛋白質中,有些則具有某些酵素活性。例如,種子抽出液
中,含有多種酵素,其中有一種即為a-amylase。抽出液中,某一種酵素含有多少量,通
常以實際的酵素活性表示,常用的單位有兩種:

(a) 以units/ml表示,即1 ml 的抽出液中含有多少unit (單位)的該種酵素活性。

(b) 以unit/mg表示,即抽出液中,每1 mg 的蛋白質含有多少unit (單位)的該種酵素活
性,此表示方法,稱為抽出液中所含有該酵素的比活性(specific activity)。對某一酵
素而言,抽出液的比活性愈高,則抽出液含有該酵素的純度愈高。

(2) 酵素活性單位(unit),指在單位時間(通常為分鐘)內,酵素使受質減少(或產物增加)
的量。受質減少(或產物增加)的量,可視實驗的需求或方便性,以莫耳(mole)、克(g)、
OD吸光值等表示。例如: 1 unit 可表示在一分鐘內,可使受質減少(或產物增加) 1
mmole; 亦可表示為在一分鐘內,可使受質減少(或產物增加) 1 mg; 或可表示為在一分鐘
內,可使受質的OD吸光值減少0.1 (或是0.01等等)。

例如:
O. D.值變化量
活性 = ------------------------
(樣品蛋白質含量) X (反應時間-分鐘)

設計Primer時,保護性鹼基參考資料

Restriction Enzyme切位附近增加幾個鹼基就可以增加RE效率

http://0rz.tw/581iF

http://0rz.tw/eb1k1

PCR中DMSO應該加多少

每個condition都不太一樣,所以通常會從2% 4% 6% 8% 開始試

然後加DMSO會幫助primer secondary structure解開,有助於跟template 作用