2009年5月14日 星期四

如何解開蛋白質三級結構?

最簡單先在NCBI網頁的STRUCTURE查此蛋白三級結構是否已被解出?如果沒有,但有相近的蛋白已被解過,就可以到http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html
左上方有個Modeling requests,點First Approach mode,再來就輸入自己的E-mail跟想預測的蛋白序列就可以了。
大概過了半天(4~8小時)就會寄個pdb file過來,他的原理是和已知結構的sequence做local比對,若相似就會有相同的folding方法,算是用cluster的方法,有些protein會預測的蠻準的。

但還是modeller的預測會好一些,因為他是利用給的sequence和已知結構的sequence做global比對,相似度高的再做類似的folding,所以會預測的準一些,只是缺點就是若你要的protein結構在database裡沒有相似的就比較容易預測失敗~

如果再不行
只好利用X-ray或NMR解了。

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